Ну вот к примеру живёт себе такой Джон Хренпокладофф.. завёл емейл john.hrenpokladoff@gmail.com и временами регистрируется на сайтах вида "Клуб любителей Лада Калина" или "Ремонт самогоннного аппарата своими руками" итд итп.. И не сильно заморачиваясь везде лепит свой емейл, и один и тот же пароль. В какой то момент идёт на курсы "программирование на петоне за 3 дня" и потом идёт и заводит себе аккаунт на Pypi. и не сильно заморачиваясь вводит те же емейл и пароль..
потом нехорошие люди ломают форум одного из клубов по интересам, где наш Джон состоит, и тырят оттуда все пароли (да пофиг что они там зашифрованные, правят код и пишут в лог открытым текстом пароли с логинами, потом лог забирают)
и эти нехорошие люди вдруг видят, ба, а этот емейл из их лога - засвечен в PyPI. пихают туда этот же пароль и чудо! их пускает..

А вот была бы двух факторка - обломались бы. К счастью сделать одинаковые OTP для разных сайтов наш Джон не сможет и смс от одного сайта не поможет в другом.

все имена вымышленные, совпадения случайны.

да, если бы дядя чуток бы напрягся и завёл себе хранилище паролей и использовал бы разные пароли на разных ресурсах, смысла с двух факторки было бы не много.. но такова селява, что народ в массово
пароль будет использовать одинаковый.