GPT хорош наличием GUID у диска и раздела. Это позволяет однозначно идентифицировать разделы, не залезая в структуры fs, которые могут быть неизвестны системе (например в случае, если раздел неизвестной хосту ОС прокидывается внутрь виртуальной машины), или когда ОС и прошивка видят диски в разном порядке, что неудивительно, учитывая количество интерфейсов, через которые их можно подключить. Ещё разделам можно давать человекочитаемые имена. И partition type в MBR размером в один байт уже как-то мало (Linux Swap vs Solaris).

GPT имеет две копии, в начале и в конце диска, что удобно для восстановления данных после ошибки пользователя.

GPT удобно использовать на EFI-системах — нет больше проблем с многостадийной загрузкой IPL->bootsector->stage1(\.5)?->stage2. Можно просто положить файл (с максимальным размером аж в 2G) на ESP, и прошивка его загрузит. Не надо никуда записывать загрузочные сектора, с файлами работать гораздо проще. И писать код загрузчика стало проще, никакого больше real mode с подготовкой таблиц и переключением в protected mode, а потом проблем с доступом к диску.

Для совсем простых сценариев можно обойтись вообще без разметки диска — создать файловую систему (или даже LVM) прямо на /dev/sda. А весь загрузочный код унести в прошивку.